کلانژیت اسکلروزان اولیه، التهاب مزمن و پیشرونده‌ی مجاری داخل و خارج کبدی می‌باشد. با این که علت اصلی ناشناخته است، اما ارتباط قوی آن با بیماری‌های خودایمنی، مخصوصاً کولیت اولسراتیو، اثبات شده است.

گاستریت آتروفیک به التهاب مزمن مخاط معده همراه با آتروفی، از بین رفتن غدد و تغییرات متاپلازی سلول‌های پوششی معده گفته می‌شود. این بیماری براساس منشاء به دو گروه گاستریت آتروفیک خودایمن (AMAG) و گاستریت آتروفیک اکتسابی از محیط (EMAG) تقسیم می‌شود.